Com base nas delações dos empresários da JBS, Temer passou a ser investigado pelos crimes de corrupção passiva, obstrução de Justiça e organização criminosa. O relatório parcial da PF, por enquanto, concluiu que há indícios de que o presidente golpista e seu ex-assessor, agora preso, teriam cometido o crime de corrupção passiva.

Embora Loures apareça em vídeo recebendo dinheiro da JBS - segundo delação executivos da empresa - a corrupção passiva significa que ele e o presidente golpista não teriam sido responsáveis diretos pelos esquemas, ainda que soubessem deles. Depois que o escândalo veio à tona, o ex-assessor devolveu o dinheiro que anteriormente tinha aceito.

Outra suspeita que recai sobre Temer no processo é de obstrução da Justiça. Isso porque ele teria comprado Eduardo Cunha para não fazer acordo de delação premiada, segundo as gravações apresentadas por Joesley Batista da JBS. Tal suspeita não foi confirmada pela PF, e deve vir à tona somente após a conclusão da investigação.

A defesa de Temer chegou a pedir que a Procuradoria-Geral da república arquivasse o processo, mas Rodrigo Janot alegou que analisaria a solicitação somente depois receber todas as informações da PF. Sem a investigação completa, o procurador declarou que não vai analisar o pedido da defesa de Temer.